La seguridad es un aspecto fundamental para el Colegio Menor.  Cuenta para el efecto, con personal entrenado, cámaras de seguridad estratégicamente ubicadas y una central de radio y video monitoreo para mantener constante comunicación con todas las áreas del colegio.  Cuenta también con un Comité de Seguridad, el cual es responsable de la coordinación en casos de emergencia y evacuación, y del establecimiento de políticas y estrategias para garantizar un ambiente seguro.